Τα πρώτα ιστορικά δείγματα του πολιτισμού της Ελαφονήσου βρίσκονται στα βάθη των αιώνων. Τα διάφορα αρχαιολογικά ευρήματα με αποκορύφωμα την αρχαίοτερη βυθισμένη πολιτεία στον κόσμο, το Παυλοπέτρι, συνηγορούν σε αυτό. Ο μεγάλος αυτός αρχαιολογικός και ιστορικός πλούτος δικαιολογείται από την σημαντική γεωγραφική θέση της Ελαφονήσου στις ρότες των καραβιών. Αυτή τη σημαντική θέση εκμεταλλεύτηκαν πειρατές και κουρσάροι για να επιτίθενται στα καράβια που περνούσαν το στενό της Ελαφονήσου, μεταξύ Ελαφονήσου και Κυθήρων. Επιπλέον, η θέση αυτή ήταν υπεύθυνη για την κατάληψη του νησιού και την κυριαρχία του από πλήθος λαών όπως Αράβων, Φράγκων και Σαρακηνών.

Η ύπαρξη ζωής, δράσης και πολιτισμού στο νησί ξεκινάει, λοιπόν, από τους προϊστορικούς χρόνους και το νησί βρίσκεται σε πλήθος αναφορών περιηγητών της αρχαιότητας για τους ναούς που φιλοξενεί σαν  την «άκρα» του Παυσανία (ΙΙΙ, 22,10) και την «ταπεινή χερσόνησο» του αρχαίου γεωγράφου Στράβωνα (VIII, 5.1). Η κατοίκηση του νησιού συνεχίζεται στο πέρασμα του χρόνου και αυτό αποδεικνύεται επίσης από νεότερα ευρύματα. Το νησί θα πάρει τη σημερινή του μορφή μετά τον καταστρεπτικό σεισμό του 375 μ.Χ., που κατέστρεψε και το Παυλόπετρι και χώρισε την Ελαφόνησο από την υπόλοιπη Πελοπόννησο.

Η πρώτη ονομασία του νησιού, όπως αυτή αποτυπώνεται σε χάρτες της αρχαιότητας, είναι Όνου Γνάθος δηλαδή σιαγώνα γαϊδουριού προφανώς από το σχήμα του νησιού για να φτάσουμε στη σημερινή ονομασία που οφείλεται, όπως φανερώνει και το όνομα, στην ύπαρξη ελαφιών στο νησί.